Nouvelle mission pour Ethan Hunt dans ce troisième film, réalisé par J.J. Abrams en 2006. Alors qu'il comptait filer des jours heureux auprès de sa femme Julia, Lindsey disparaît à Berlin. Le super agent reprend du service aux côtés de ses acolytes Luther, Declan et Zhen pour lui porter secours. Mais il est trop tard, la jeune femme meurt après l'explosion d'une capsule de magnésium dans la tête. L'agent Hunt arrête son assassin, Owen Davian. Mais il s'évade et kidnappe sa femme. Seule la fameuse "patte de lapin" la sauvera.
Si J.J. Abrams est aujourd'hui le réalisateur de Star Strek, Super 8, ou encore prochainement du nouveau Star Wars, Mission Impossible III est son tout premier film. En 2006, Tom Cruise le choisit après avoir visionné sa série, Alias. Encore aujourd'hui, le film est considéré comme le meilleur de la saga.
Spécialiste des films d'action, l'acteur américain réalise toujours ses cascades lui-même. Et ça marche, malgré sa cinquantaine passée, Tom Cruise ne sort jamais d'un film blessé. Les cascades impressionnantes des Mission Impossible sont par ailleurs sans trucage.
L'acteur Simon Pegg, connu pour son rôle dans la comédie loufoque Shaun of the Dead, ne s'attendait pas vraiment à jouer dans la saga. Lorsqu'un journaliste lui demande s'il veut tenter sa chance à Hollywood il répond : "Ce n'est pas comme si on allait me proposer de jouer dans Mission : Impossible III!". Et pourtant il est bien présent dans le quatrième et bientôt le cinquième.
En faisant le pari de confier son "bébé" à J.J. Abrams, Tom Cruise lui confie aussi le plus gros budget de l'histoire du cinéma à l'époque, plus de 150 millions de dollars. Mais le film n'obtient pas le succès escompté et ne rapporte que 397 millions de dollars, ce qui est beaucoup moins que les opus précédents et la moitié du suivant, Mission Impossible : Protocole Fantôme.
